Pour la Cour de justice de l’arrêt Van Gend en Loos comme pour celle de l’avis 2/13 relatif à l’adhésion de l’Union à la CEDH, le droit de l’UE forme encore et toujours « un nouvel ordre juridique ». Entre 1963 et 2014 pourtant, la somme des normes et institutions en vigueur a bien changé. En bonne logique, lorsque les parties changent il ne peut plus s’agir du même tout. Quel est alors ce principe d’unité qui maintient les parties ensemble et autorise la Cour à parler de ce qui change comme étant encore le même ? Si l’ensemble n’est pas réductible à la somme des parties, c’est qu’il forme système, qu’il est doté d’un certain ordre permettant de l’identifier singulièrement, malgré le bouleversement de ses parties. La réponse est donc à trouver dans ces théories pour lesquelles les composants du droit ne sont valides qu’à l’intérieur d’un système. La première partie de la thèse se consacre à la définition du concept de système juridique. Elle montre qu’un système est cet ensemble de normes et/ou d’institutions doté d’une certaine unité et d’une certaine autonomie. « Unité » et « autonomie » varieront selon les auteurs, si bien que l’on identifiera des conceptions du concept de système. Nous montrons que ces conceptions sont opérationnelles pour l’analyse des entités juridiques non étatiques telles que celle constituée par le droit de l’Union européenne. La seconde partie identifie dans quelques grands « moments » de la jurisprudence de la Cour portant sur les relations entre droit de l’Union, droit interne et droit international, le rôle que joue dans le discours du juge « l’argument du système », soit l’argument tiré de ce que le droit de l’Union constitue un ordre ou système juridique. Sur la base de la méthode de l’analyse inférentielle et d’une théorie réaliste de l’interprétation, nous analysons ce que l’argument permet à la Cour de faire et à partir de cela identifions la conception du concept de système qu’elle exprime. Cette recherche entend ainsi contribuer, à travers l’analyse de l’argumentation de la Cour, à une meilleure compréhension du système que le droit de l’Union européenne est, au sens des conceptions traditionnelles du concept de système juridique définies par Hans Kelsen, H.L.A. Hart et telles que renouvelées plus récemment par Joseph Raz ainsi que Neil MacCormick.